長崎は外国への窓で悪が広がり、闇奉行がいた、町会所は大名に匹敵する規模を持ち、会所頭取・福島六左衛門(小沢栄太郎)は長崎を支配者で新長崎奉行に平松忠四郎(萬屋錦之介)着任を告げ異例の抜擢が注意と言い、村田屋新兵衛(嵯峨善兵)がどのように確かめるか尋ねた。
長崎奉行所同心・加田宇太郎(新克利)が与力・三島与五郎(御木本伸介)らに平松到着と知らせ、会った三島は福島に呆れた奉行と言い、平松に案内人・加田を会わせた。
居酒屋「せいろむ」の女将・おぎん(磯村みどり)が西洋歌留多で占い、客引き・三次(火野正平)とお文(杉本美樹)が見ているとヤクザに追われた娘・お松が助けを求め、蘭法医・木暮良純(田中邦衛)に三次が医師・山口道庵に薬代が返せないと奉公に出されると言うと追い払い、父・太平の診察をし道庵に誤診を責めた。
村田屋は道庵を叱りもう5人は必要と言い、町会所から平松に挨拶に来るが待たせ、目の前で賄賂を開けて好きと言い、ヤクザがお松を襲い父を殺し、長崎奉行所通詞・沢田一馬(太田博之)が道庵に蘭語を教え歩くと木暮が洋弓で道庵を殺し、奉行所が来るが与力・長尾神吉(北村総一朗)は村田屋に犯人でないというと無理に犯人にせよと言い、長尾は木暮を拷問にかけた。
加田が平松に木暮の無実と娘が行方不明を伝え、平松は犯行方法を知り木暮に会い言いくるめ、長尾は村田屋にヤクザ召し捕りを告げ長尾は殺し、医師・古田文庵が娘に父が病気と薬を売り込み、平松は木暮に裏の黒幕捜しを命じ金を渡した。
木暮は三次に文庵の事を聞き調べさせ、お松が死体で見つかり、三次は文庵と長尾と村田屋の繋がりを知り、平松は木暮から聞き、村田屋から金を取った福島が平松に金を渡しに来た。
平松は木暮に闇で裁くと言い同行し三次とお文が加わり村田屋と文庵と長尾と一味を斬り殺し、平松は木暮を叩き刑で解き放ち福島に村田屋殺しは幽霊と言い、木暮と三次らが娘らを助け、福島は仲間に村田屋殺し探しを命じた。
脚本:池田一朗
監督:渡邊祐介